时空转录组

Stereo-seq是国内生命科学龙头机构华大自主研发的时空转录组技术，该技术基于DNA纳米球（DNA Nano Ball, DNB）开发，是具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术，可以实现同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录组分析[1]。该技术通过时空芯片捕获组织中的mRNA,并通过空间条形码（Coordinate ID, CID）还原回空间位置，实现组织原位测序，为深入地了解细胞的基因表达及形态与局部环境之间的关系建立强大的研究基础[2]。

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产品优势

厘米级全景视场，定制芯片满足不同组织需求

Stereo-seq 标准Stereo-seq 芯片大小为1 cm × 1 cm，同时可依据组织大小定制不同尺寸的芯片。

纳米级分辨率，实现亚细胞级分子定位

Stereo-seq 技术的检测分辨率可达到500 nm，实现对单个细胞及分子信息进行空间定位和检测。

Stereo-seq,实现更高的分辨率和捕获率

Stereo-seq技术与已报道的其他时空技术相比，在分辨率及捕获区域等诸多方面都有重大突破。

技术流程

样本制备

对组织样本进行冷冻、OCT包埋和切片，并将其铺贴到时空芯片。每张芯片（1 cm × 1 cm）含有 4 × 10^8个带空间坐标的数据点，每个数据点的直径为220 nm，两个数据点的中心相距500 nm。

组织透化与文库构建

时空芯片上装载具有空间坐标信息的捕获探针，对组织切片进行固定和透化后，探针在芯片上原位抓取组织细胞释放的 mRNA 分子，随后进行cDNA合成与扩增。收集扩增后的cDNA，作为模板构建测序文库。

测序

用华大DNBSEQ系列高通量测序仪完成测序。

数据分析及可视化

您可以使用时空云平台（STOmicsCloud）在线上进行数据分析及可视化。您也可使用Stereo-seq分析流程软件包（SAW）自行进行数据处理获得基因的空间表达矩阵；矩阵可用于下游个性化分析。

产品应用

STOmics®致力于创建强大、稳定且易于使用的端到端时空组学产品解决方案，以应对生命科学领域面临的挑战。STOmics® 产品能让研究人员以500nm的超高分辨率对新鲜冷冻样本的全转录组、蛋白组等数据进行空间分析，进而深入探索发育、疾病发生等过程的时空特异性。

时空转录组

时空多组学

STOmics® Stereo-seq 透化试剂套装

STOmics®Stereo-seq 透化试剂套装是用于摸索组织切片最佳透化时间的预实验试剂套装。Stereo-seq芯片P（透化测试芯片）上载有核苷酸捕获探针，与组织切片结合后通过探针原位抓取组织内的mRNA分子，再利用带有荧光标记的核苷酸进行cDNA合成。研究人员通过荧光显微成像可以快速判断特定组织的最佳透化时间（详细产品信息请查看附录1）。选择最佳的透化条件，更利于mRNA捕获，在组织移除干净且保持相同成像条件（包括亮度和曝光等条件）的情况下，以组织形态完整，荧光值最强且无弥散为最佳透化时间的判断标准。透化3min时，组织呈现同一皮层亮度不均匀的情况，说明透化不充分；透化12min时，细节清晰，信号均匀，亮度最大；透化24min时的信号弱于透化12min的信号；因此，最佳的透化时间是12min。

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STOmics® Stereo-seq 转录组试剂套装

STOmics® Stereo-seq 转录组试剂套装是用于构建组织切片全转录本 3'端文库的试剂套装。Stereo-seq 芯片 T（时空 poly-T 芯片）上载有具有空间坐标信息的捕获探针，与组织切片结合后通过探针原位抓取组织内的mRNA分子并进行cDNA合成。研究人员通过DNBSEQ测序和STOmics®配套的可视化分析工具，可获取特定样本超高分辨率下的空间转录组信息。

配合使用Stereo-seq 建库试剂盒，可获得Stereo-seq 测序文库。高效的生化实验流程，强大的可视化分析工具，造就了超高分辨率的时空组学。

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通过将多重免疫荧光（mIF）染色方法融入标准 Stereo-seq 转录组实验流程中，Stereo-seq 技术可对同一组织切片的RNA和蛋白质进行共检测，并在单细胞分辨率水平下实现多重蛋白的空间可视化。在不影响mRNA捕获的前提下，基于蛋白组图像和转录组数据的整合分析，研究人员可更深入地评估样本价值，解析复杂的病理和生理过程。