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单细胞组学

单细胞测序技术(ingle-cell Sequencing)是可以对单个细胞的基因组、表观基因组、转录组和蛋白组等组学信息进行测序分析的技术。智数生物拥有华大智造DNBelab C4 单细胞平台以及10x Chromium 单细胞平台,可以进行单细胞转录组测序(scRNA-seq)、单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)以及单细胞免疫组库测序。


MGI DNBelab C-TaiM4平台                 和       10x Chromium 单细胞平台

MGI DNBelab C-TaiM4平台 和 10x Chromium 单细胞平台

产品应用

目前,单细胞组学方向的科研文章根据其应用方向,大致可以分为以下类型。

01 疾病方向

01 疾病方向
肿瘤等

02 生长发育

02 生长发育
组织、器官再生
细胞分化等
胚胎、组织器官发育

03 免疫研究

03 免疫研究

04 生命演化

04 生命演化
海洋动物
植物
昆虫等
技术原理
单细胞转录组
单细胞转录组
单细胞转录组
单细胞ATAC
单细胞ATAC
单细胞ATAC

案例分析

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单细胞和时空转录组分析揭示银屑病潜在致病机制

重大成果
细胞组学和时空组学联合研究
疾病研究
生殖与发育研究
动植物研究
银屑病是一种慢性、复发性、炎症性皮肤病,影响全球2%~3%的人口,被世界卫生组织列为最严重的非传染性疾病。银屑病的慢性炎症过程常导致骨关节、心血管等损害以及代谢异常,严重影响患者的生活质量。本研究利用单细胞转录组DNBeLab C4和时空组学技术Stereo-seq,描述了真皮内基质细胞的特征,并分析了成纤维细胞、血管内皮细胞和平滑肌细胞之间的相互作用,揭示了基质细胞参与银屑病炎症微环境的新证据。
本研究样本来源于17例银屑病患者,采集其‌皮损和‌非皮损皮肤样本以及6例‌健康个体皮肤。本研究结合单细胞RNA测序、空间转录组测序和批量RNA测序,系统解析银屑病皮损、非皮损及健康皮肤中基质细胞的异质性。通过364,098个单细胞数据,鉴定了成纤维细胞、血管内皮细胞(VECs)和平滑肌细胞(VSMCs)的亚群及其功能变化。
银屑病微环境细胞特征研究团队收集了17名银屑病患者和6名健康人,共获得37个新鲜皮肤样品,其中包括14对患者皮损和非皮损样品。 通过单细胞测序共得到364,098个细胞,共分为10个大的细胞类型。 接着将成纤维细胞分为8个亚型,包括WIF1+成纤维细胞、CCL19+成纤维细胞、PI16+成纤维细胞、FGFBP2+成纤维细胞、COL11A1+成纤维细胞、WNT5A+成纤维细胞、TNN+成纤维细胞和ANGPTL7+成纤维细胞。这些不同亚型的成纤维细胞在皮损中显示出明显基因表达差异,其中WNT5A基因的表达在皮损中上调。在皮损中WNT5A+成纤维细胞的比例(9.99%)显著高于非皮损 (3.55%) 和健康皮肤 (2.83%) 。与相邻匹配的非皮损相比,皮损中WNT5A+成纤维细胞数量增加,且与PASI评分呈正相关(r = 0.59,P < 0.05)。在病变皮肤中,观察到WIF1基因 (WNT抑制因子1)的表达降低和WIF1+成纤维细胞比例降低。轨迹分析显示WNT5A+成纤维细胞来源于WIF1+成纤维细胞。Stereo-seq和免疫荧光显示银屑病皮损真皮中有明显的WNT5A+成纤维细胞浸润。Stereo-seq还显示出成纤维细胞各种亚型在真皮中的空间位置差异。综上,团队描绘了银屑病炎症微环境中成纤维细胞亚型的特征,突显WNT5A+成纤维细胞对促炎和血管生成的重要作用。 WNT5A+成纤维细胞在皮损真皮乳头内聚集银屑病基质细胞之间的通讯然后,团队通过检测配体受体对基因的表达模式,评估了健康皮肤、非皮损和皮损中细胞通讯的强度。在所有细胞亚型中,WNT5A+成纤维细胞在皮损和非皮损上均表现出最强的外向输出相互作用强度。作为WNT5A的受体之一,MCAM同时在TIH5+血管内皮细胞和VCAN+血管平滑肌细胞呈高水平表达,并且在皮损中MCAM与WNT5A的相互作用强度显著。该研究还揭示了来自WNT5A+成纤维细胞的配体(COL1A1, COL1A2, COL4A1, COL4A2,COL6A3和TNC)与VCAN+血管平滑肌细胞以及ITIH5+血管内皮细胞上的受体(CD44, ITGA1, ITGA8, ITGA9, ITGB1)之间的通信频率,促进了皮损中的细胞相互作用。Stereo-seq显示皮损真皮乳头内存在WNT5A+成纤维细胞、VCAN+血管平滑肌细胞和ITIH5+血管内皮细胞共定位,并通过多重免疫荧光验证。这些来自基质细胞的配体和受体在皮损中的上调表达,以及细胞在空间上的相互临近,为银屑病皮损真皮乳头内细胞通讯提供了便利。基质细胞之间的通讯 总之,本研究描述了真皮乳头内基质细胞的特征,并分析了成纤维细胞、血管内皮细胞和平滑肌细胞之间的相互作用,揭示了基质细胞参与银屑病炎症微环境的新证据。这些发现对探索炎症过程中维持基质细胞平衡的策略,和开发银屑病新的药物靶点具有重要意义。 安徽医科大学第一附属医院汤华阳副教授为论文通讯作者。苏州大学第四附属医院(苏州市独墅湖医院)张博博士、三亚华大生命科学研究院梅俊谱生物信息副研究员、华大基因智惠医学研究院廖启军博士、安徽医科大学第一附属医院周珊和黄贺博士为论文共同第一作者。三亚智数生物信息工程师容哲柔参与项目分析并署名。 
张 B、梅 J、廖 Q 等。多转录组分析显示真皮状细胞中的基质细胞可促进寻常型银屑病的血管生成。Br J 皮肤醇。2025 年 3 月 18 日;192(4):672-683.
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