中高密度基因分型

液相芯片

基于靶向测序的基因型检测技术
（中高密度，位点1K-5K）

华大具有自主开发的工业级捕获探针设计工具NEOPRIMARIES HybCapArt和基于分选原理的mMPS（microchip-based Massive in Parallel Synthesis）高通量并行合成技术，不仅可以设计高捕获率和高覆盖均一性的捕获探针，还可以大幅度减少探针合成的费用。

智数生物依托华大，可利用该技术根据物种、遗传背景材料、应用场景和个性化需求，定制设计技术方案，开发全基因组目标区域不同密度、任意数量标记的靶向捕获试剂盒产品，提供从基因组测序、SNP挖掘、SNP标记筛选、标记体系开发、合成和验证的一站式服务。

基于靶向测序的基因型检测技术流程图

靶向捕获技术介绍

液相芯片（Liquid Chip ）

指的是“靶向序列捕获”，因此英文名称也叫做“Genotyping by target sequencing”。

液相芯片就是用于捕获特定位点或区域DNA片段的“捕获试剂盒”，在捕获完成后，仍需通过短读长测序来进一步获得目标区域的基因型。相比于全基因组重测序，靶向序列捕获试剂盒能够通过有的放矢地捕获住目标区域位点，从而降低测序量，大大简化了生物信息分析和数据处理。

液相芯片技术优势

适用于多种测序平台，如MGI和Illumina。

标记类型和数量可灵活设定和升级，满足多样化研究需求。

在基因分型、杂合子鉴定和种子纯度评估等方面具有出色表现。

相比固相芯片，开发成本更低，且随着样本数量的增加检测成本进一步降低。

液相芯片检测全流程

液相芯片开发技术流程图

主要步骤：

-位点的挑选
-探针设计合成
-DNA提取
-建库
-杂交捕获 -测序

主要费用：

-探针合成费用
-DNA提取费用
-建库费用
-杂交捕获费用
-测序费用

优化方向：

-DNA探针自主设计工具——提高探针总体覆盖率，实现更全面的目标检测。
-自主探针合成技术——优化合成成本，提供高性价比且可扩展的解决方案。

液相芯片检测全流程

快速的设计-构建-测试-学习

第一轮研发

· 初步探针设计

· 合成这些探针用于测试

· 性能测试

· 优化差的探针和位点

第二轮研发

· 验证优化后的探针

根据需求生产和交付

· 研发周期：4到6周

· 交付周期一般是8周

基因分型应用场景

	应用场景	低密度编码微芯片 1-25	中高密度液相芯片 1K-50K	高密度测序 50K以上
科研人员	遗传图谱构建		✔	✔
	遗传多样性评估/聚类分析	✔	✔	✔
	群体结构分析		✔	✔
	全基因组关联分型GWAS		✔	✔
	基因/QTL粗定位	✔	✔	✔
	基因/QTL精细定位	✔
育种家	种质资源评价		✔	✔
	杂交配组设计		✔	✔
	分子标记导向的前景选择/日标基因检测	✔
	分子标记导向的回交背景选择	✔	✔
	全基因组选择GS		✔	✔
	品种真实性鉴定与确权	✔	✔	✔
	种子遗传纯度检测	✔
	转基因检测	✔		✔
	基因编辑后代的快速鉴定		✔	✔

应用案例 - 大豆20K芯片

在海南省种业实验室联合揭榜挂帅项目的支持下，三亚华大生命科学研究院联合南京农业大学开发大豆15K液相育种芯片，智数生物和华大新一产承担了芯片设计、探针合成和测试等工作。该芯片基于 1850 份大豆种质资源（涵盖野生种、地方品种及国际主栽种），凭借118,464个高多态性SNP位点均匀覆盖基因组近70%外显子区域，精准锚定551个产量、抗逆及品质功能位点，推动育种模式从“大海捞针”迈向“精准导航”。