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3K水稻重测序&泛基因组研究
研究背景
通过对不同性别和年龄的人群队列的下肢肌肉活检样本中的387,000多个细胞/细胞核的深入分析，详细描述了细胞群体在衰老过程中的变化，发现了老年人群中新出现的细胞群体，并揭示了这些变化背后的细胞特异性特征和多细胞间的网络互动特性。本研究涵盖不同性别和年龄人群的骨骼肌多模态单细胞图谱，为我们揭示了肌肉老化的奥秘...
研究策略
最初测序3,024份水稻样本，后来进行质控过滤掉14份，最终保留3,010份水稻样本进行深度研究。3K RG测序数据比对到参考基因组日本晴Nipponbare上检泌SNPs、InDels。合并Nipponbare基因组序列和无冗余的新组装的基因组序列构建泛基因组。利用测序深度＞20X，比对深度＞15X的453个水稻材料进行SVs和PAVs分析。
a. 基因家族PAVs
b. 泛基因组和一个单独旳基因组旳组成成份
c. 基于500个随机筛选旳水稻基因组模拟泛 基因组和核心基因组
d. 核心和分散式基因家族比例
e. 两个品系间基因家族平均数量差异
f. 5733主要群组不平衡基因家族特性
参考文献
Wang W, Mauleon R, Hu Z, et al. Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice[J]. Nature, 2018,557(7703): 43.
