1. 技术原理
10x Chromium 利用微流控、油滴包裹、barcode 的技术手段在单个细胞层面对细胞 mRNA 进行高通量测序。针对制备成功的单细胞悬液，通过微流控技术分选单个细胞，然后将带有 barcode 和引物的凝胶珠与单个细胞包裹在油滴中，形成 GEMs (Gel Bead-In-Emulsion，意为含有 Gel bead、单细胞和酶混合物的油滴包裹)。GEMs 形成后，在 GEMs 中完成细胞的裂解以及 mRNA 的捕获，随后 mRNA 逆转录最终生成含有 10x Barcode 和 UMI 的 cDNA，最后进行测序文库的构建与测序分析。10x Chromium 单细胞平台细胞捕获率最高 65%，单个样本建议捕获 500-10,000 个细胞，⼀张芯片可完成 80,000 个细胞的捕获。
2. 优势
1.细胞通量高：一次可以同时做8个样本，细胞通量高达80000+个细胞;
2.捕获率高：V3.1版本细胞捕获率最高可达65%;V34版本细胞捕获率提升至80%；
3.短时高效：十几分钟内可完成上万个细胞封装，一天内获得测序文库。
3. 分析内容
3.1 矩阵分析：
- 测序结果统计
- 比对结果统计
- 质控和数据过滤
- 矩阵分析
3.2 标准分析：
- 测序结果统计
- 比对结果统计
- 质控和数据过滤
- 矩阵分析
- 高变特征筛选
- 主成分分析
- 细胞聚类分析
- 细胞类型注释(仅针对人或小鼠，基于SingleR软件注释)
- marker基因鉴定
- 特意marker基因分析
- 差异基因表达分析
- 差异基因表达GO功能分析(仅针对人或小鼠)
- 差异基因表达pathway功能分析(仅针对人或小鼠)
- 拟时序分析
分析流程图
