技术服务

a. 工具简介

ImageStudio是时空组学线下图像处理软件，主要涉及图像质量评估和图像手动调整模块（图像拼接、组织分割和细胞分割）。图像质量评估主要从图像清晰度和图像track线两个评估指标对显微镜拍摄的图像进行评分，用于判断是否满足下游的数据分析。图像的手动调整模块，主要针对自动的拼接或者分割算法无法满足的场景，借助手动工具对图像进行处理。

b. 功能介绍

1. 图像质控

图像质控模块主要评估时空组学项目中显微镜的图像质量是否满足后续数据分析的需求。图像质控模块主要包含："ssDNA/DAPI"和 DAPI&mIF 图像QC、TIFF/PNG格式的图片上传及配置数据上传方式三大功能。

2. 图像拼接

图像拼接模块基于芯片自身Track线，用于手动调整显微镜小图的拼接效果，输入文件应为图像QC结果为PASS的显微镜小图文件。

3. 图像校准

图像校准模块用于手动调整 mIF 中蛋白与 DAPI 的校准，主要从水平和垂直方向。输入文件为 DAPI&mIF 图像 QC 后的数据。

4. 组织分割

组织分割模块用于手动调整分割后的组织mask。