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Stereo-seq Chip是用于mRNA定位的芯片，芯片上布满了以规则阵列形式排布的DNA纳米球（DNA Nano Ball）。对固定在芯片上的DNB进行测序得到序列与坐标位置Coordinate ID（CID）一一对应的信息，后续即可通过这一映射关系将芯片捕获到的mRNA进行空间位置的还原。序列与CID的映射关系以h5格式文件储存，即为Mask文件。Mask文件不能直接打开，需要使用Stereo-seq分析流程软件包（Stereo-seq Analysis Workflow, SAW）进行处理。