技术服务

你的位置：技术服务·时空组学·时空多组学-步骤列表

时空组学标准分析（SAW）

Stereo-seq分析流程软件包（Stereo-seq Analysis Workflow, SAW）整合了多个Stereo-seq空间组基因表达分析工具，这些工具可用于还原以及可视化测序数据在芯片上的空间表达信息。Stereo-seq原始测序数据经SAW分析后，得到可以用于下游分析的空间表达矩阵。

主要功能：

1. 图像预处理

基于track线对显微镜的小图文件进行拼接，同时也会进行初步组织分割和细胞分割。

2. 数据过滤

对低质量的序列、无法比对到CID序列、无法比对到外显子区域序列、多比对序列以及重复序列分别进行严格过滤筛选。

3. 获取表达矩阵

经过数控的序列最终根据比对信息，生成基因表达矩阵，同时也会生成不同bin下的表达矩阵的表达矩阵。

4. 图像配准与组织分割

分割非组织覆盖区域的基因表达数据，去除背景噪音。通过图像配准以及组织分割，最终可准确保留下组织区域的表达信号。

5. 空间聚类

该模块基于组织分割得到的表达矩阵进行细胞无监督聚类，展示不同的细胞类型在空间上的分布。