技术服务

• Stereopy是一个由BGI研究院研发的开源的python工具包，其可用于空间转录组学的数据挖掘和数据可视化。Stereopy提供了一系列时空组学数据的分析功能 ，包括细胞聚类、空间基因表达模式、图像分割等，以满足不同的需求。同时，我们仍在致力于提高性能和计算效率。

• 主要功能

1. 更加适用于Stereo-seq时空组学数据的下游分析；

2. 支持多种空间转录组数据格式的高效读写(IO)、预处理和标准化；

3. 自主研发高斯平滑模型、组织和细胞分割算法模型及细胞修正算法；

用Stereopy高斯平滑模型绘制的艾伦脑中小鼠大脑冠状面的热图

检索来与自 Retrieved from https://mouse.brain-map.org/-experiment/show/71587929 

4. 整合降维、空间聚类、细胞聚类、空间表达模式分析等各种功能；

5. 基于Stereo-seq工作流的特性开发了交互式可视化功能。

Stereopy交互可视化界面

Stereopy流程图

工作流程图