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华大 DNBelab C4 平台

华大 DNBelab C4 平台

1. 技术原理

DNBelab C4 技术是基于负压的液滴微流控系统[2],通过引入自主专利的液滴标签技术 (Disc-seq: Droplet-indexed high-throughput single-cell sequencing),将带有标签的捕获磁珠与单个细胞或者细胞核包裹在液滴中,采用 Droplet index 的技术实现磁珠的超泊松分布,在液滴中完成细胞裂解和捕获 mRNA 或 DNA 分子及用于识别来自同一液滴磁珠的标签序列,对 cDNA 和 Droplet index 进行文库构建和测序,即可一次性获得大量细胞的基因表达或染色质开放区基因信息。此技术与常规液滴单细胞测序技术如 Drop-seq 平台 1%-3% 的细胞回收率相比,回收率提高至 30%-60%, 显著提高了细胞的利用率,降低了单次细胞投入量。

2. 优势

1.稀有细胞高效捕获:高效捕获稀有类型细胞,实现新突破;

2.多种样本无挑剔:除常规活细胞悬液外,珍稀液氮速冻样本可实现细胞核水平研究;

3.测序数据高保真:搭配DNBSEQT测序系统,不怕单个细胞数据弄混;

4.性价比高,通量高。

3分析内容

3.1 矩阵分析:

  • 测序结果统计
  • 比对结果统计
  • 质控和数据过滤
  • 矩阵分析

3.2 标准分析:

  • 测序结果统计
  • 比对结果统计
  • 质控和数据过滤
  • 矩阵分析
  • 高变特征筛选
  • 主成分分析
  • 细胞聚类分析
  • 细胞类型注释(仅针对人或小鼠,基于SingleR软件注释)
  • marker基因鉴定
  • 特意marker基因分析
  • 差异基因表达分析
  • 差异基因表达GO功能分析(仅针对人或小鼠)
  • 差异基因表达pathway功能分析(仅针对人或小鼠)
  • 拟时序分析

3.3 高级分析(人、小鼠):

  • 聚类分析
  • 细胞类型人工注释和校正
  • 拟时序分析:基于Monocle2分析
  • 细胞功能分析:差异富集分析
  • 细胞互作分析:基于cellchat进行受配体分析
  • PySCENIC转录因子分析

高级分析流程图


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